ศาลจังหวัดแม่ฮ่องสอน สาขาปาย จัดตั้งขึ้นตามนโยบายของนายวิรัช ลิ้มวิชัย อดีตประธานศาลฎีกา ที่จะอำนวยความยุติธรรม ด้วยความเที่ยงธรรม รวดเร็ว และเสมอภาค และมีดำริที่จะให้มีศาลที่ประชาชนสามารถเข้าถึงความยุติธรรมได้โดยสะดวก รวดเร็ว เป็นธรรม ประหยัด และทั่วถึง จึงมีบัญชาให้สำนักงานศาลยุติธรรม โดยนายพินิจ สุเสารัจ เลขาธิการสำนักงานศาลยุติธรรม ทำโครงการที่จะก่อสร้างอาคารที่ทำการศาลจังหวัดแม่ฮ่องสอน สาขาปาย เพื่ออำนวยความยุติธรรมและอำนวยความสะดวกให้แก่ประชาชน ในพื้นที่อำเภอปายและอำเภอปางมะผ้า โดยไม่ต้องเดินทางไปยังศาลจังหวัดแม่ฮ่องสอน ซึ่งมีระยะทางไกล